ตำหนักเจ้าแม่หมาจู่เป็นที่สักการะบูชาเทพเจ้าหมาจู่ ซึ่งเป็นเทพเจ้าแห่งทะเล ชาวบ้านในหมู่บ้านหมาจู่ต่างเชื่อกันว่าท่านเทพหมาจู่ได้ถูกคลื่นยักษ์พัดพาร่างมาขึ้นฝั่งที่นี่ หลังจากที่ท่านพยายามช่วยพ่อที่กำลังจะจมน้ำ ด้วยคุณงามความดีนี้ ทำให้ท่านได้กลายเป็นเทพและขึ้นไปอยู่บนสวรรค์ในวันที่9เดือน9ตามปฏิทินจันทรคติ 

วัดแห่งนี้เสื่อมโทรมไปตามกาลเวลาและได้รับการบูรณะต่อเติมใหม่อีกครั้งในปี1943 รวมทั้งมีการประดับตกแต่งด้วยรูปวาดและเสาแกะสลัก นอกจากนี้ ตำหนักแห่งนี้ยังใช้เป็นสถานที่ประกอบพิธีกรรมทางศาสนาหลายอย่างของชุมชน